ご相談いただく内容で、「これはちょっとキツイな」と感じるものがあります。それは、外注して制作されたサイトのコンサルです。オープンソース型（WordPressなど）で発注者が自由にカスタマイズできる仕様ならよいのですが、自由にカスタマイズできる箇所がごくわずかのものだと悲惨です。私ではなく発注者が悲惨です。軽微な修正でも数日を要し、しかも有料……。
ですから、サイトは内製化すべきです（内製化：外注化せず自社で行う）。軽微な修正なら一瞬で完了しますし、A/Bテストなどのトライアルも柔軟に行うことができます。そもそも自サイトの中にブラックボックスがあることは恐怖でしかありません。心臓を他者に握られているようなものです。サイトは内製化し、自サイトの仕様は掌握しておくべきです。
※プラグインを利用している時点でブラックボックスを抱えているようなものじゃないか？というご指摘はごもっともですが、他にやりようがないのでスルーさせてください。